日本馆的展示内容由三大展区构成，在第一展区中，展现一幅宛如活动画卷般的生动映像，以遣唐使时代为中心，展现从中国流传至日本的文化如何经历变化，传承发展至今。在第二展区，展现珍视自然与四季风情的日式生活，在盛开的樱花树下，专门设置了一间日本传统茶室，使观众能够感受到日本人的审美意识。环保问题也是日本馆聚焦的主题，展示人类应该克服的全球性课题之一―――水资源问题。通过技术机器实物以及映像，介绍日本的一系列最尖端技术，包括能够将下水道污水净化为饮用水的生化块和膜分离活性污泥法(MBR)，以及将海水处理为淡水的反浸透膜等。